Diagnostico_Poblacional
1
Dinámica Poblacional
1.1
Objetivo del libro:
1.2
Estructura del libro
1.3
Paquetes de R principales usado en el libro
1.4
Libro digital y archivos de datos
2
¿Qué es el analisis de dinamica poblacional?
2.1
Un recuento histórico breve de la ecología de poblaciones
2.2
¿Qué es el estudio de la dinámica poblacional?
2.3
Definición
2.4
El analisis de Dinámica Poblacional y su uso
2.4.1
Tabla: El uso potencial de la diferentes acercamiento de PPM.
2.4.2
USO 1: Identificar las etapas or procesos demográficos claves
2.4.3
USO 2: Determinar cuantos individuos en una población es necesario para reducir la extinción
2.4.4
USO 3: Determinar cuantos individuos se necesita introducir en una sitio para establecer una población viable
2.4.5
USO 4: Determinar cuantos individuos se puede extraer sin tener un impacto negativo sobre la viabilidad de una población
2.4.6
USO 5: En especies invasivas determinar cuantos y cual etapas se necesita remover para controlar la población.
2.4.7
USO 6: Evaluar el riesgo de una población
2.4.8
USO 7: Determinar cuantas poblaciones se necesita para la viabilidad de una especie al nivel local o global
2.4.9
USO 8: Comparando el riesgo relativo de dos o más poblaciones
2.4.10
USO 9: Evaluar interacciones ecológicas para entender las variables importantes para la supervivencia de una población
2.4.11
USO 10: Cual de los procesos y patrones evolutivos del ciclo de vida de especies impacta su crecimiento o grupos taxonómicos
2.5
Visualización de la dinámica poblacional
3
Qué es un diagrama de Ciclo de Vida
3.1
Introducción
3.2
Ejemplo de ciclos de vida sencillo
3.3
Ejemplo de una orquídea hipotética
3.4
Ciclo de vida de orquídea en publicaciones
3.4.1
Especies Epífitas
3.4.2
Especies Terrestres
3.4.3
Ejemplo de un ciclo de vida incompleto (y biologicamente erroneos)
3.5
Ejemplo de un diagrama de un ciclo de vida usando el paquete ggplot
3.6
Code for color coding figure
4
Como recopilar datos en el campo
4.1
Consideraciones en la colecta de datos en el campo
4.2
Tipo de crecimiento en las orquídeas
4.3
Métodos y técnicas de muestreo
4.3.1
Orquídeas epífitas y rupícolas
.
4.3.2
Orquídeas terrestres
.
4.4
Marcaje y monitoreo de los individuos en el tiempo
4.4.1
Etapas de las orquídeas de estudio a identificar en campo
4.5
Identificar la características de la especie de estudio
4.5.1
Identificación y etiquetado de individuos.
4.6
Variables a registrar en campo
4.6.1
Crecimiento o reiteración vegetativa
.
4.6.2
Ejemplos de categorización en especies de estudio
5
Como calcular transiciones para la matriz de Lefkovitch
5.1
Introducción
5.2
Métodos tradicional de calcular las transiciones
5.2.1
Construyendo la matriz de transiciones
5.2.2
Añadiendo los nombres de las etapas
5.2.3
Construcción de matriz con funciones en R
5.3
Matriz con Clonaje
5.4
Extraer la matriz de Clonaje
5.4.1
Fertilidad
5.4.2
Problema con el uso tradicional de calcular las transiciones
6
Como calcular fecundidad
6.1
Por: Demetria y Aucencia: equipo ECOSUR
6.2
Métodos tradicional de calcular las transiciones
6.3
Problema con el uso tradicional
6.4
Referencias
7
Matrices de transición, fecundidad y clonal
7.1
Tres tipos de matrices
7.2
MatU: Matriz de transiciones
7.3
MatF: Matriz de fecundidad
7.4
MatC = Matriz de clonación
8
Método bayesiano de calcular las transciones y fecundidades
8.1
El paquete “raretrans”
8.2
Instalación de los paquetes #1
8.3
Instalación de raretrans #2
8.4
Obtención de la matriz de proyección
8.5
Paso 1: Cargar y fusionar los datos de población única para
L. elto
8.6
Organización de los datos en el “data.frame”
8.7
Nota:
8.8
Paso 2: Obtener el número inicial de individuos por etapa
8.9
Metodo alterno de calcular las transiciones, fecundidades y el número de individuos por etapas
8.10
Uso de priors para incorporar transiciones raras
8.10.1
Use priors no informativos
8.10.2
Matriz de transición
8.10.3
Como calcular a mano las transiciones
8.10.4
Matriz de fecundidad
8.10.5
Calculando los valores a priori de fertilidad a mano
8.11
El crecimiento poblacional
8.11.1
Otras opciones para el argumento `returnType
8.12
Añadiendo realidad a los análisis
8.12.1
Incorporar priores informativos
8.12.2
Modificar el peso de los valores a priori
8.13
Intervalos de Confianza de los parámetros
8.13.1
El efecto del tamaño de muestra sobre los intervalos creíbles
8.14
Intervalos creíbles de
\(\lambda\)
8.15
Determinar si el
\(\lambda\)
es significativamente diferente de 1
8.15.1
Tabla de resultado de lambda
9
Crecimiento Poblacional
9.1
Por: Tamara Ticktin y Mariana Hernández Apolinar
9.2
Cálculo de la tasa de crecimiento poblacional asintótica:
\(λ\)
9.3
Intervalos de confianza de
\(λ\)
9.4
Tasa estocástica de crecimiento
\(λ_e\)
9.5
El impacto de la frecuencia de las matrices en
\(λ_e\)
y los IC
10
Estimación de Parametros
10.1
Por: Mariana y Paola
10.2
En este capitulo se cubrirá varios estimación de parametros.
10.2.1
Condición basica de las matrices de transición
10.3
Librerías de R requeridas para el análisis
10.4
PASO 2: CONDICIONES QUE DEBE CUMPLIR LA MATRIZ DE ESTUDIO
10.4.1
Analisis de convergencia y “Damping Ratio”
10.5
Análisis asintótico (i.e. largo plazo) del crecimiento poblacional de L. rubripetala.
10.6
Estructura estable
10.6.1
Damping Ratio
10.7
Análisis de Amortiguamiento/Damping Ratio
10.8
Análisis de Convergencia
10.9
Valores reproductivos
11
Elasticidad
11.1
Librerías de R requeridas para el siguiente modulo
11.2
Qué es la Elasticidad
11.2.1
Sensibilidad y Elasticidad
11.2.2
El impacto de cambio en las etapas
11.2.3
Efecto de cambio en las tansiciones, de crecimiento, permanencia y fecundidad
11.2.4
Como se usa los análisis de elasticidad en un plan de conservación
11.2.5
Comparación entre especies
11.3
Limitaciones
11.4
Introducir los nombres de los estadíos o categorías de tamaño, según sea su caso
11.5
Capturar los datos de la matriz para Erycina crita-galli
(Mondragón, Maldonado, and Aguilar-Santelises 2007)
(tabla 4 del artículo)
11.6
Para calcular los autovalores y autovectores de la matriz
12
Dinámica transitoria (Transient dynamics)
12.1
Dinámica poblacional de largo y corto plazo
12.2
PROYECTO DE DINAMICA TRANSITORIA O DE CORTO PLAZO
12.2.1
PART I: DINÁMICA POBLACIONAL DE LARGO PLAZO
12.3
Librerías de R requeridas para el análisis
12.3.1
PASO 1. MATRIZ DE PROYECCIÓN POBLACIONAL y ESTRUCTURA POBLACIONAL INICIAL
\(t_{0}\)
12.3.2
Crecimiento asintótico
12.4
Dinámica transitoria
12.5
Dinámica transitoria estandarizada: límites
12.6
Dinámica transitoria específica de la población.
13
Funciones de Transferencias
13.1
La elasticidad no lineal
13.2
Metodología
13.3
Ejemplo tradicional
13.4
Valor biológico
13.5
Métodos de calculo
13.6
Paquete de R para calcular le eslaticidad no lineal
13.7
Referencias
13.8
Funciones de transferencia
14
LTRE
14.1
Introducción a
Experimento de Respuesta de Tabla de Vida
14.1.1
¿Cómo se diferencia la elasticidad de ERTV?
14.2
Métodos
14.2.1
Ejemplo práctico de ERTV
14.2.2
Matrices de proyecciones y ciclo de vida por especie de hospedero
14.2.3
Diagrama del ciclo de vida
14.2.4
Diagrama para
Quercus martinezii
14.2.5
Diagrama para Quercus rugosa
14.3
Procedimiento para ERTV en Excel
14.4
Procedimiento en R
14.4.1
Tasa vital sobre
Q. martinezzi
14.4.2
Tasa vital sobre
Q. rugosa
14.4.3
Extraer los elementos de matriz utilizando los nombres de las tasas vitales
14.4.4
Calcular las sensibilidades y elasticidades de
Onciudium brachyandrum
de ambas matrices
14.5
HAY algo extraño en la matriz de sensibilidades y elasticidades, no se ve bien., hay elasticidad negativas, y esto no es posible. Hay que revisar el código.
14.5.1
Calcular las diferencias en tasas vitales entre las especies
14.5.2
Calcular las tasas vitales para la matriz media
14.5.3
Calcular las tasas sensibilidades y elasticidades para la matriz media
14.5.4
Calcular las contribuciones de ERTV y ver los resultados
14.5.5
Resultados de ERTV
15
Variación Temporal y Espacial
15.0.1
Componentes de Variación
15.1
Introducción a los métodos de simulaciones
15.2
Estocasticidad espacial
15.2.1
Entrada de datos
15.2.2
Cual es la distribución de número de individuos esperado.
15.2.3
Simulaciones con diferente probabilidad de selección
15.2.4
Comparar la distribución de cantidad de individuos esperado por simulaciones
15.2.5
Impacto antropogénico vs poblaciones naturales
15.3
Estocasticidad temporal
15.3.1
Comparación de la variación temporal y espacial en un gráfico
15.4
Estocasticidad demográfica
15.4.1
Obtener los inertvalos de confianza (IC) para entradas de matriz individuales
15.5
Ventaja de usar simulaciones
15.6
Métodos más recientes
16
El uso de matrices para estudios evolutivos
17
Historia breve de la dinámica poblacional en orquídeas.
17.0.1
Familia de plantas evaluadas
17.0.2
Los primeros estudios con Orquídeas
17.0.3
Latencia en Orquídeas
17.0.4
Métodos alternos para estimar la latencia incluye
17.0.5
Perspectiva Histórica de la Dinámica Poblacional en Orquídeas
18
Carl Olaf Tamm
18.1
Uno de los padres de la ecología de población
18.2
Re-evaluación de los datos de Tamm
18.3
Instalación de raretrans #2
18.4
Construcción de la matriz de transición
18.5
Apreciación de la matriz
18.6
Constucción de la matriz de fertilidad
18.7
Crear la matriz de fecundidad
18.8
Análisis de viabilidad de poblaciones
18.9
Simulando el crecimiento poblacional
18.10
Visualización de las distribuciones de los lambda. Se nota claramente que la población de
Dactylorhiza incarnata
muestreado por Tamm desde 1944 a 1971 tiene un crecimiento poblacional menor que 1.0. Nota que esta similación considerá variación demografica en los datos.
19
Compadre_Orchid PPM y su uso
19.1
Activar los siguiente paquetes
19.1.1
Acceso a los datos de COMPADRE.
19.1.2
Filtrar para la familia de Orquidaceae
19.1.3
Cual son los géneros de la familia Orchidaceae
19.1.4
Lista de especies únicas de orquídeas en la base de datos de COMPADRE.
19.2
Contabilizar cuantas matrices y variables estan incluidas en el archivo
19.2.1
La fuente de la información
19.3
Frecuencia de autores unicos en la base de datos
19.4
ROBERTO
:
19.5
Extraer información de una especie específica
19.6
Cuantos estudios unicos?
19.6.1
Determinar cuantas poblaciones fueron muestreadas por especies
19.6.2
¿Cuan largo fueron los estudios?
19.6.3
Tiempo de duración de las investigaciones.
19.6.4
Evaluación de la ergodicidad e irreducibilidad y el valor propio de las matrices
19.6.5
Ahora usando las matrices que cumple con las condiciones de ergodicidad y irreducbilidad se puede calcular el valor propio de lambda.
19.6.6
Need to move this before as the Caladenia’s are terrerstrial and not epiphytes
19.7
Resolve the name of this data frame… Give it a more reasonable name
19.7.1
La cantidad de poblaciones por especies en la base de datos de COMPADRE.
19.7.2
Filtrar para las especies con más de 10 poblaciones distintas
19.8
Usando leaflet para mapa de distribución interactivo
19.9
La esperanza de vida de las orquídeas
19.9.1
Calcular el promedio y la varianza en la expectativa de vida de un modelo de matriz poblacional
20
Un protocolo para informar sobre modelos discreto de estructura de población
20.1
“A standard protocol to report discrete stage-structured demographic information”
21
Impactos de datos sin sentido biológicos
21.1
Tamaño de muestra pequeñas o eventos raros
21.1.1
Sin Mortalidad/Supervivencia Perfecta
21.1.2
Irreductibilidad: No hay transiciones entre etapas
21.1.3
Ninguna supervivencia
21.2
Redondeo excesivo de valores
21.3
Estimaciones de fertilidad y ciclo de vida
21.3.1
QUIERO OTRO EJEMPLO DE ESTO
21.3.2
Ciclo de vida y etapa de fertilidad incorrectos
21.4
Problemas de análisis de datos
21.4.1
Estimaciones de intervalos de confianza incorrectas
21.5
Distribución Dirichlet de intervalo de confianza
21.5.1
Tamaño de muestra y estimaciones de intervalos de confianza con n=250
21.5.2
Los estimados de Intervalo de camfianza con una n=250
22
Nhora
23
Dinámica transitoria (Transient dynamics)
23.1
Dinámica poblacional de largo y corto plazo
23.2
PROYECTO DE DINAMICA TRANSITORIA O DE CORTO PLAZO
23.2.1
PART I: DINÁMICA POBLACIONAL DE LARGO PLAZO
23.2.2
PASO 1. MATRIZ DE PROYECCIÓN POBLACIONAL y ESTRUCTURA POBLACIONAL INICIAL
\(t_{0}\)
23.2.3
Crecimiento asintótico
23.3
Estructura estable
23.4
Valores reproductivos
23.5
Análisis de elasticidad
23.6
Análisis de Amortiguamiento/Damping Ratio
23.7
Análisis de Convergencia
23.8
Dinámica transitoria
24
Capitulos_asignados
Appendix A
Lista completa de todos los trabajos dinámica poblacional en orquídea que han usado matriz
Lista parcial de especies de orquídeas que han sido estudiadas que no incluye matrices
Appendix B
Hojas de datos en el campo
Ejemplos de tablas de Datos
Usando ejemplo de Tremblay [] y su codificación
Almacenamiento de datos de forma digital
Published with bookdown
Dinamica Poblacional
Capítulo 6
Como calcular fecundidad
6.1
Por: Demetria y Aucencia: equipo ECOSUR
6.2
Métodos tradicional de calcular las transiciones
6.3
Problema con el uso tradicional
6.4
Referencias