Capítulo24 Opciones de Knitr

## [1] "2026-09-09"

La mayoría de los ejemplos y ideas de esta sección proviene de yihui en el siguiente website <https://yihui.org/knitr/>

el paquete knitr fue diseñado para ser transparente para generar reporte de R, añadiendo componente de animación y Latex (Ecuaciones) y otras funciones.

Hay muchas opciones para determinar lo que hace un chunk

  • Code evaluation: evaluación de código
  • Text output: Formateo de texto
  • Code decoration: Decoración del código
  • Cache: Cache
  • Plots: Gráficos
  • Animation: Animaciones
  • Code chunk: Código del chunk
  • Child Document: Documento asociados
  • Language engines: Asociación de lenguaje
  • Option Template:
  • Extracting source code:
  • Other chunk options:
  • Package Options:
  • Global R Options:

24.1 Temas

  • Qué es una opción de bloque y dónde se escribe
  • Los tres niveles: global, por bloque, y en el YAML
  • Las cuatro opciones que esconden cosas: eval, echo, include, results
  • Avisos y mensajes
  • Figuras: tamaño, título, alineación
  • cache: no repetir lo que ya se calculó
  • results='asis': generar texto desde R

24.2 Qué es una opción de bloque

Una opción de bloque es un ajuste que se escribe en la primera línea del bloque, después de la etiqueta y separado por comas: en la primera línea escribes {r mi-bloque, echo=FALSE, fig.width=4} entre acentos graves, donde mi-bloque es la etiqueta y lo demás son las opciones.

Todo lo que hay ahí dentro controla qué hace R con ese bloque y qué acaba apareciendo en el documento final. Y hay que tener clara una distinción que confunde a todo el mundo al principio: una cosa es que el código se ejecute y otra que se vea. Son dos decisiones independientes, y por eso hacen falta varias opciones y no una sola.

Las opciones se pueden poner en tres niveles, y el más específico gana:

  1. Global, con knitr::opts_chunk$set(...) en el primer bloque del documento. Es lo que hace la primera línea de todos los capítulos de este libro. Vale para todos los bloques que vengan después.
  2. Por bloque, en la primera línea de ese bloque. Sobrescribe la global solo para él.
  3. En el YAML, para cosas que afectan al documento entero (el formato de salida, la tabla de contenido, el tema).

La costumbre que conviene adoptar: pon en global lo que quieras casi siempre (típicamente warning = FALSE, message = FALSE) y deja las excepciones bloque por bloque. Así el documento se lee sin ruido y no tienes que repetir lo mismo cuarenta veces.

24.3 Para ver las opciones de knitr de los chunk

knitr fue creado por Yihui Xie en 2012; es el motor que ejecuta el código de R dentro de los documentos R Markdown y “teje” (knit) el resultado junto con el texto. Sustituyó a Sweave con una sintaxis más flexible.

Opciones de los chunks: controlan qué se muestra.

  • echo=FALSE: oculta el código (muestra solo el resultado).
  • eval=FALSE: muestra el código pero no lo ejecuta.
  • include=FALSE: ejecuta el código pero no muestra nada.
  • warning=FALSE / message=FALSE: ocultan avisos y mensajes.
  • fig.width / fig.height / out.width: tamaño de las figuras.

echo=FALSE y eval=FALSE no son lo mismo y se confunden constantemente:

  • echo=FALSE ejecuta el código y esconde el código; el resultado sí sale.
  • eval=FALSE no ejecuta nada y enseña el código; no hay resultado.
  • include=FALSE ejecuta el código y no enseña nada, ni código ni resultado.

Es decir, include=FALSE sí crea los objetos y eval=FALSE no. Esa diferencia es la causa del problema que vas a ver unas líneas más abajo.

Este chunk es para que la información de los chunk en la parte de knitr se vea.

library(knitr)
hook_chunk = knit_hooks$get('chunk')
knit_hooks$set(chunk = function(x, options) {
  if (!is.null(options$echo_opts)) {
    return(paste0("```` ```{r ", options$params.src, "} ````", x, "```` ``` ````"))
  } else {
    return(hook_chunk(x, options)) # pass to default hook
  }
  })

opts_knit$set(eval.after = 'fig.cap')

Los ejemplos aquí serán limitados a las alternativas para los documentos .Rmd

  • Las opciones están escrita de forma de tag=selección de la alternativa.

Opciones de bloques

Se personaliza los bloques con “opciones” options de los chunks.

En la rueda de a la derecha de cada chunk hay opciones para seleccionar opciones.

24.3.1 Cómo se lee la tabla

En la tabla siguiente, cada columna es una cosa que puede aparecer o no en el documento, y un guion significa que esa opción la suprime:

  • Ejecuta: el código corre de verdad.
  • Muestra: se ve el código escrito.
  • Output: se ve el resultado de texto.
  • Gráficos, Mensajes, Advertencias: lo que dice cada nombre.

Fíjate en la primera fila: eval=FALSE suprime todo menos el código, porque no hay nada que ejecutar. Y en la tercera: echo=FALSE suprime solo el código, y deja pasar todo lo demás.

24.4 Tablas de opciones principales

Opción Ejecuta Muestra Output Gráficos Mensajes Advertencias
eval=FALSE - - - - -
include=FALSE - - - - -
echo=FALSE -
results=“hide” -
fig.show =“hide” -
message=FALSE -
warning=FALSE -
error=FALSE -
  • Comenzando con dándole un nombre al chunk “mi-chunk”

Ponerle nombre a cada chunk (como mi-chunk) facilita localizar errores, navegar por el documento y reutilizar el caché de los cálculos costosos.

library(tidyverse)

algun_nombre, echo=TRUE

Eso es lo que va a ver cuando hace el knit

library(tidyverse)

Nota aquí tengo include=FALSE, por consecuencia cuando se hace un knit, no se ve lo que hay en el chunk.
- Ahora cambialo a TRUE

head(cars)
##   speed dist
## 1     4    2
## 2     4   10
## 3     7    4
## 4     7   22
## 5     8   16
## 6     9   10

```{r c22-7, include=TRUE, echo_opts=TRUE}

head(cars)
##   speed dist
## 1     4    2
## 2     4   10
## 3     7    4
## 4     7   22
## 5     8   16
## 6     9   10

```

24.4.1 Figuras

Con las figuras hay dos parejas de opciones que se confunden:

  • fig.width y fig.height son el tamaño con el que R dibuja la figura, en pulgadas. Cambian el tamaño relativo del texto y de los puntos dentro de la gráfica: una figura de 3 pulgadas tiene las letras proporcionalmente más grandes que una de 8.
  • out.width y out.height son el tamaño al que se muestra la imagen ya hecha, normalmente en porcentaje (out.width='50%'). Es un simple estirar o encoger, y el texto de dentro se estira con ella.

La regla práctica: ajusta primero fig.width hasta que las letras se vean del tamaño correcto, y usa out.width solo para colocarla en la página.

Las otras dos que se usan a diario son fig.cap, que pone el título al pie de la figura (y en bookdown la numera y permite referenciarla), y fig.align, que la coloca a la izquierda, a la derecha o centrada.

Añade una figura

Y ahora un ejemplo que sale mal a propósito, y que vale por todo el capítulo. El bloque siguiente lleva eval=FALSE, así que el objeto data nunca se crea:

data=c(1:100)

El bloque de abajo sí se ejecuta, y pide el promedio de data:

mean(data)
## [1] 9.6

Mira bien el resultado: no es 50.5, es NA con una advertencia. Como el objeto data no se creó, R fue a buscar ese nombre a otro sitio y encontró la función data() de base R, que existe siempre. Y el promedio de una función no se puede calcular.

Es el mismo object of type 'closure' del capítulo de errores comunes, provocado aquí por una opción de bloque. La lección: eval=FALSE no es cosmética. Si el bloque que apagas creaba algo, todo lo que venga después trabaja sin ello, y no siempre da un error limpio.

Este es el argumento definitivo a favor de la prueba de la sesión limpia del capítulo de scripts: reiniciar R y hacer Knit del documento completo. Un eval=FALSE olvidado se detecta ahí y en ningún otro sitio.

```{r c22-11, include=TRUE, fig.cap='El nombre de mi figura.', fig.topcaption=TRUE, echo_opts=TRUE}

plot(cars)

Figure 24.1: El nombre de mi figura.

El nombre de mi figura.

```

```{r c22-12, include=TRUE, fig.cap= "An incredible figure", echo_opts=TRUE}

library(ggplot2)
df <- data.frame(letters = letters[10:15], value = 1)

ggplot(df, aes(letters, value, fill = letters)) +
 geom_bar(stat = "identity")
An incredible figure

Figure 24.2: An incredible figure

```

```{r c22-13, include=TRUE, fig.cap= "An incredible figure", fig.width = 3, fig.height = 3, echo_opts=TRUE, echo=FALSE}
An incredible figure

Figure 24.3: An incredible figure

```

Figure alignment: default, left, right, and center

fig.align

```{r c22-14, include=TRUE, fig.cap= "caption", fig.width = 3, fig.height = 3, fig.align='right', echo_opts=TRUE}

library(ggplot2)
df <- data.frame(letters = letters[1:5], value = 1)

ggplot(df, aes(letters, value, fill = letters)) +
 geom_bar(stat = "identity")
caption

Figure 24.4: caption

```

Wrap text around figure

Use ese código para que el texto “wraps” alrededor de las figura (ese código es de otro idioma de computadora de se llama css)

AQUI el CHUNK

24.4.1.0.1 R Markdown wrapping

código css

caption

Figure 24.5: caption

El bloque <div style="float:right; ..."> de arriba no es de R ni de knitr: es CSS, el lenguaje con el que se le da estilo a una página web. float:right saca la figura del flujo normal del texto y la pega a la derecha, y position y top la suben o la bajan unos píxeles para que quede a la altura del párrafo que le corresponde.

Esto solo funciona en la salida HTML. Si el mismo documento se compila a PDF o a Word, el div se ignora y la figura vuelve a su sitio. Es el precio de usar CSS: da control fino, pero solo en un formato.

La alternativa que sí funciona en los tres formatos es la opción out.extra del bloque, condicionada al formato de salida, que es lo que hace el capítulo de factores. Cuesta más de escribir y no se rompe al cambiar de salida.

Para más detalles sobre R Markdown, http://rmarkdown.rstudio.com.

24.4.2 OTRAS opciones de knitr

  • eval= : ejecutar o no el código (TRUE o FALSE)
  • echo= : mostrar o no el código (TRUE o FALSE)
  • message= : mostrar o no los mensajes
  • warning= : mostrar o no las advertencias
  • error= : si es TRUE, el documento sigue compilando aunque el bloque dé error, y el mensaje sale impreso. Es lo que usa el capítulo de errores comunes para enseñar los errores sin que el libro se caiga.
  • results='asis' : no envolver el resultado como salida de consola, sino meterlo en el documento tal cual, como si lo hubieras escrito a mano.

results='asis' es la puerta a algo muy útil: generar el documento desde el código. Con él, un for puede escribir un encabezado y un párrafo por cada especie de tu tabla, y el informe entero se rehace solo cuando cambian los datos. Es lo que hace el último bloque de esta sección, en pequeño.

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
library(MASS)
library(dplyr)
library(MASS)
cat("I'm raw **Markdown** content.\n",
    "\n",
               "➪ My poetry of Puerto Rico\n")

I’m raw Markdown content.

➪ My poetry of Puerto Rico

24.5 Emojis y símbolos

24.5.1 En Mac se abren desde Edit ➡ Emoji & Symbols.

En Windows, con la tecla de Windows más el punto.

24.5.1.0.1 Recuerda que puedes añadir emojis a tu documento

A veces uno quiere 🙈 un poco y ponerle un par de ⭐️⭐️ al documento. 🎈🎈 Y si le añades emojis interesantes a tu trabajo hay premio, sobre todo si eres 🎶.

Un aviso práctico: los emojis se ven bien en HTML, pero al compilar a PDF con LaTeX suelen fallar o salir como cajas vacías, porque la fuente por defecto no los tiene. Para un trabajo que vaya a imprimirse, mejor no usarlos.

24.6 cache: no repetir lo que ya se calculó

Cuando un bloque tarda (un modelo bayesiano, una simulación, leer un archivo enorme), compilar el documento se vuelve insoportable, porque todo se vuelve a calcular cada vez.

cache=TRUE: guardar el resultado de un bloque para no repetirlo.

  • Qué hace: la primera vez ejecuta el bloque y guarda el resultado en disco. Las veces siguientes, si el código del bloque no cambió, lo lee del disco en vez de calcularlo.
  • dependson = "otro-bloque": obliga a recalcular cuando cambia otro bloque del que este depende.
  • cache.lazy = FALSE: hace falta con objetos muy grandes.

El caché mira si cambió el código del bloque, no si cambiaron los datos. Si editas el archivo .csv que lee un bloque cacheado, el bloque no se entera y sigue devolviendo lo viejo. Cuando un resultado no cambie por más que edites, borra la carpeta _cache y vuelve a compilar. Es de los pocos casos del curso en que “apágalo y enciéndelo” es la respuesta correcta.

24.7 Ejercicios del capítulo

Sobre los ejercicios de este capítulo. Aquí lo que se evalúa no es un resultado sino el documento: las opciones que pusiste en cada bloque y lo que eso hizo aparecer o desaparecer. Por eso el .html que entregues cuenta tanto como el .Rmd, y hay que mirar los dos lado a lado. Los ejercicios usan millas del paquete datos, no cars ni las letras del abecedario, que son los del capítulo. La hoja completa para entregar está en Ejercicios/Ejercicios_Capitulo_24_knitr.Rmd.

24.7.1 Ejercicio 1. Las cuatro maneras de esconder algo

Escribe cuatro bloques que hagan exactamente lo mismo (calcular el promedio de autopista en millas), uno con echo=FALSE, otro con eval=FALSE, otro con include=FALSE y otro con results='hide'.

Verificación: en el .html final, uno enseña solo el número, dos enseñan solo el código, y uno no enseña absolutamente nada.

En palabras: haz una tabla de cuatro filas diciendo, para cada opción, si el código se ejecutó y si se vio. ¿Cuáles dos crean el objeto en la memoria y cuáles no?

24.7.2 Ejercicio 2. Avisos y mensajes

Escribe un bloque con library(dplyr) y library(MASS) sin ninguna opción, y mira lo que sale. Después repítelo con message=FALSE y con warning=FALSE.

Verificación: sin opciones aparece un aviso sobre funciones enmascaradas; con message=FALSE desaparece.

En palabras: ese aviso dice que MASS::select() está tapando a dplyr::select(). Esconderlo con message=FALSE, ¿resuelve el problema o solo lo oculta? ¿Qué harías tú en un análisis de verdad?

24.7.3 Ejercicio 3. La trampa del eval=FALSE

Reproduce el problema del capítulo con tus propios datos: un bloque con eval=FALSE que cree un objeto llamado datos_millas, y un bloque después que lo use.

Verificación: el segundo bloque tiene que dar object 'datos_millas' not found. Ponle error=TRUE para que el documento compile de todos modos.

En palabras: en el capítulo, el mismo experimento con un objeto llamado data no dio ese error, dio un NA. Explica la diferencia. ¿Cuál de los dos comportamientos prefieres y por qué?

24.7.4 Ejercicio 4. El tamaño de una figura

Haz la misma gráfica de millas (dispersión de cilindrada contra autopista) tres veces: con fig.width=8, con fig.width=3, y con fig.width=8 más out.width='40%'.

Verificación: las tres se ven de tamaño distinto, pero dos de ellas tienen las letras de los ejes del mismo tamaño relativo y una no.

En palabras: ¿cuáles dos, y por qué? Explica la diferencia entre fig.width y out.width con lo que acabas de ver. ¿Cuál usarías para una figura que va en un artículo a una columna?

24.7.5 Ejercicio 5. Global contra local

En el primer bloque de tu documento, pon knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE). Después escribe dos bloques: uno normal y otro con echo=TRUE.

Verificación: en el .html, el primero no enseña su código y el segundo sí.

En palabras: explica qué nivel ganó y por qué. ¿Qué ventaja tiene poner las opciones comunes en global en vez de repetirlas en cada bloque? ¿Y qué desventaja, para alguien que abra tu documento por el medio?

24.7.6 Ejercicio 6. cache

Escribe un bloque lento a propósito, con Sys.sleep(10) y algún cálculo sobre millas. Compila el documento y anota cuánto tardó. Añade cache=TRUE, compila dos veces más y anota los tiempos.

Verificación: la segunda compilación con cache=TRUE tiene que ser claramente más rápida que la primera.

En palabras: cambia ahora una sola letra de un comentario dentro de ese bloque y vuelve a compilar. ¿Se recalculó? Explica qué mira cache para decidir, y por qué eso lo hace peligroso si el bloque lee un archivo de datos.

24.7.7 Ejercicio 7 (BONO). Escribir el documento desde el código

Con results='asis' y un for, genera automáticamente un encabezado de nivel 3 por cada clase de millas, seguido de una oración con el número de vehículos y el consumo promedio de esa clase.

Verificación: en el .html final tienen que aparecer 7 encabezados, y tienen que salir en la tabla de contenido como si los hubieras escrito a mano.

En palabras: ¿qué pasa si quitas results='asis'? Pruébalo y describe la diferencia. ¿En qué situación de tu trabajo te serviría generar así un informe?