Install

library(scales)
## 
## Attaching package: 'scales'
## The following object is masked from 'package:purrr':
## 
##     discard
## The following object is masked from 'package:readr':
## 
##     col_factor
library(ggsci)

Este documento ofrece unos ejemplos de como usar diferentes palettas de color en sus gráficos.

El paquete ggsci

El nombre del paquete es “Scientific Journal and Sci-Fi Themed Color Palettes for ggplot2” y fue escrito por Nan Xiao.

Hay diferentes tipos de palettas ajustado a diferentes revistas científicas.

Palettas principales

  • American Association for the Advancement of Science

    • pal_aaas
    • scale_color_aaas
    • scale_fill_aaas
library("scales")
show_col(pal_aaas("default")(15))
## Warning: This manual palette can handle a maximum of
## 10 values. You have supplied 15

 

  • Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC)

    • pal_cosmic
    • scale_color_cosmic
    • scale_fill_cosmic
library("scales")

# Color palettes = "hallmarks_light", "hallmarks_dark", "signature_substitutions"
show_col(pal_cosmic("hallmarks_dark")(10))

  • Reference:

https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic  

  • D3.js Color Palettes

    • pal_d3
    • scale_color_d3
    • scale_fill_d3
# colour_palettes= "category10", "category20", "category20b", "category20c"
show_col(pal_d3("category20b")(15))

  • Reference:

https://github.com/d3/d3-3.x-api-reference/blob/master/Ordinal-Scales.md

 

  • Frontiers Color Palettes

    • pal_frontiers
    • scale_color_frontiers
    • scale_fill_frontiers
show_col(pal_frontiers("default")(8))

 

  • GSEA Gene Pattern Color Palettes

    • pal_gsea
    • scale_color_gsea
    • scale_fill_gsea
show_col(pal_gsea("default")(12))

Crear su propia Paletta

Puedes crear tu propia palettas usando los códigos de los colores, por ejemplo usando este enlace

color wheel

Crear una paletta sencilla

miscolores <- colorRampPalette(colors =c("#623dc2", "#53bc43", "#d22d2d", "#30a3cf","white" ))(5) 
# nota el valor al final es cuant colores tiene en su paletta. 

miscolores 
## [1] "#623DC2" "#53BC43" "#D22D2D" "#30A3CF" "#FFFFFF"
scales::show_col(miscolores) # para ver tus colores

Ahora usarlos en una gráfica

library(ggplot2)
data(diamonds)

ggplot(diamonds, aes(x = color, fill = cut)) +
  geom_bar() +
  scale_fill_manual(values = miscolores)