---
bibliography: ftExtra.bib
---
# Apéndice A {#AppendixA .unnumbered}
## Lista completa de PPM en orquídea {.unnumbered}
En esta sección se hará recopilación de los estudios de dinámica poblacional en orquídeas que han usado matrices de transición de estados y de edades. Se identifica algunos de los temas principales de los trabajos.
En la siguiente tabla se presentan los estudios de dinámica poblacional en orquídeas que usaron PPM y la(s) preguntas principales que los autores intentaron responder. En la gran mayoría de los trabajos se evalúa múltiples hipótesis/ideas sobre la dinámica poblacional de las orquídeas. Para información especifica sobre la metodología usada en cada estudio, se recomienda revisar los trabajos originales.
- Clave de las variables
- Riesgo: Si se evaluó el riesgo de extinción de la especie.
- Variación espacial: Si se evaluó la variación espacial de la especie.
- Variación temporal: Si se evaluó la variación temporal de la especie.
- Latencia: Si se evaluó la importancia de la latencia (Dormancy) de la especie.
- Métodos de estimación de parametros: Si se evaluó métodos alternos de estimación de parametros (no tradicional).
- Historia de Vida: Si se evaluó la historia de vida de la especie en un contexto evolutivo.
- Otro: Si se evaluó otra pregunta no incluida en las anteriores.
- Referencia: Referencia del estudio.
```{r lista1, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
library(readr)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(flextable)
library(ftExtra)
library(kableExtra)
```
------------------------------------------------------------------------
```{r lista2, table, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
listsp <-dplyr::tribble(
~"Genero", ~Especies, ~Riesgo, ~"Var esp.", ~"Var temp", ~"Lat", ~"Est param", ~"Hist vida", ~Otro, ~Ref,
"*Aspasia*" , "*principissa*", "Si" , "-" , "Si" , "-" , "-" , "-" , "-" , "@zotz2006population" ,
"*Brasavolla*", "*cucullata*", "Si" , "Si" , "Si" , "-" , "-" , "-" , "IPM Transient Dynamics Transfer Function" , "@ackerman2020small",
"*Broughtonia*", "*cubensis*" , "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Transient Dynamics", "@raventos2021effects",
"*Caladenia*", "*amoena*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia ", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy; ",
"*Caladenia*", "*argocalla*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*clavigera*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*elegans*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*graniticola*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si", "Selección de modelos, Método de estimar latencia","@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*macroclavia*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*oenochila*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*rosella*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*valida*" , "Si", "-" , "-", "Si", "Si", "Si","Selección de modelos, Método de estimar latencia", "@tremblay2009population @tremblay2009dormancy",
"*Caladenia*", "*orientalis*" , "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Interacciones abiotica" ,"@coates2009demographic",
"*Cephalanthera*", "*longifolia*", "-", "-" , "-", "Si", "Si", "Si", "Interacciones abiótica y biótica","@shefferson2012linking",
"*Cleistes*", "*divaricata* var. *divaricata*" , "Si", "Si" , "Si", "Si", "Si", "-","-" ,"@gregg1991variation",
"*Cleistes*", "*divaricata* var. *bifaria*" , "Si", "Si" , "Si", "Si", "Si", "-","-" ,"@gregg1991variation",
"*Cleistes*", "*bifaria*", "-", "Si" , "-", "Si", "-", "-", "Estructura de tamaño y estado","@gregg2006comparison",
"*Corallorhiza*", "*trifida*", "Si", "-" , "Si", "Si", "-", "-","-" ,"@iriondo2009peligro",
"*Crepidium*", "*acuminatum*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Efecto de cosecha" ,"@timsina2021six",
"*Cypripedium*", "*acaule*", "-", "-" , "-", "-", "Si", "-", "Edad de individuos reproductivos","@cochran1992simple",
"*Cypripedium*", "*calceolus*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Selección de modelos" ,"@nicole2005population",
"*Cypripedium*", "*calceolus*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto de aislamiento" ,"@garcia2010living",
"*Cypripedium*", "*calceolus*", "-", "-" , "-", "-", "-", "-","Costo de latencia, Interacciones abiótica y biótica" ,"@shefferson2012linking",
"*Cypripedium*", "*fasciculatum*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Selección de modelos, Interacciones abióticas" ,"@thorpe2011trends",
"*Cypripedium*", "*parviflorum*", "-", "-" , "-", "Si", "-", "Si", "-","@shefferson2014life",
"*Cypripedium*", "*reginae*", "-", "Si" , "-", "Si", "-", "Si","Selección de modelos, Interaccione bióticas" ,"@kery2004demographic",
"*Cypripedium*", "*lentiginosum*", "-", "-" , "-", "-", "Si", "-","Leslie matrix" ,"@zhongjian2008correlation",
"*Dactylorhiza*", "*hatagirea*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto de cosecha, Gabriela" ,"@chapagain2021illegal",
"*Dactylorhiza*", "*lapponica*", "-", "Si" , "Si", "Si", "-", "-", "Efecto antropogénico, Interaccione abióticas","@sletvold2010long @sletvold2013climate",
"*Dendrophylax*", "*lindenii*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Efecto de densidad, **Los datos de la matriz no estan disponible**" ,"@gonzalez2009dinamica @raventos2015population ",
"*Epidendrum*", "*xanthinum*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-", "Comparación de poblaciones","@farfan2008estrategias",
"*Epipactis*", "*atrorubens*", "Si", "Si" , "Si", "Si ", "-", "-","Incorporación de variable de endogamía" ,"@hens2017low",
"*Epipactis*", "*atrorubens*", "-", "-" , "-", "- ", "-", "-","" ,"@jakalaniemi2011orchids",
"*Erycina*", "*crista-galli*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-","-","@mondragon2007life",
"*Erycina*", "*crista-galli*", "-", "-" , "-", "-", "-", "-","-","@maldonado2005patron",
"*Guarianthe*", "*aurantiaca*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-","Efecto de cosecha","@mondragon2009population",
"*Herminium*", "*monorchis*", "Si", "-" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto abiótico","@wells1998flowering",
"*Himantoglossum*", "*hircinum*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Efecto abiótico: sequia","@wells1998flowering",
"*Himantoglossum*", "*hircinum*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Modelando expanción","@carey1998modelling",
"*Himantoglossum*", "*hircinum*", "Si", "-" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto abiótico: Precipitación y Temp del suelo", "@pfeifer2006influence",
"*Isotria*", "*medeoloides*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Tratamiento del dosel","@dibble2019demography",
"*Jacquiniella*", "*leucomelana*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Metapopulation approach","@winkler2009population",
"*Jacquiniella*", "*teretifolia*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Metapopulation approach","@winkler2009population",
"*Laelia*", "*autumnalis*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "","Efecto de cosecha","@emeterio2021does",
"*Laelia*", "*speciosa*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Efecto de cosecha","@hernandez1992dinamica",
"*Lepanthes*", "*caritensis*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","-","@tremblay1997lepanthes",
"*Lepanthes*", "*caritensis*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Efecto de huracanes","@crain2019sheltered",
"*Lepanthes*","*eltoroensis*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-","Tamaño efectivo de Población, Ne y largo de vida","@tremblay2001gene",
"*Lepanthes*","*eltoroensis*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","-","@tremblay2003population",
"*Lepanthes*","*eltoroensis*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Nueva metodología de estimar parametros","@tremblay2021population",
"*Lepanthes*", "*rubripetala*", "-", "-" , "-", "-", "-", "-","Tamaño efectivo de Población, Ne y largo de vida", "@tremblay2001gene",
"*Lepanthes*", "*rubripetala*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Dinamica de transiciones","@tremblay2015stable",
"*Lepanthes*", "*rupestris*", "-", "-" , "-", "-", "-", "-","Tamaño efectivo de Población, Ne y largo de vida","@tremblay2001gene",
"*Lepanthes*", "*acuminata*", "Si", "-" , "-", "-", "-", "-","Dinamica de transiciones","@raventos2018comparison",
"*Lycaste*" , "*aromatica*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","Metapopulation approach","@winkler2009population",
"*Neotinea*", "*ustulata*", "Si", "Si" , "-", "Si", "-", "Si","Metodo de estimar latencia, Tremblay","@shefferson2007dormancy",
"*Oeceoclades*", "*maculata*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Especie invasiva","@riveron2019spatio",
"*Oncidium*", "*poikilostalix*", "Si", "-" , "-", "-", "-", "-","Dinamica de transiciones","@raventos2018comparison",
"*Orchis*", "*purpurea*", "Si", "-" , "Si", "-", "-", "-","LTRE", "@jacquemyn2010seed",
"*Orchis*", "*ustulata*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-","mismo que **Neotinea ustulata**","@tali2002dynamics",
"*Phaius*", "*australis*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-","Efecto espacial y abiótico", "@simmons2016Viability",
"*Platanthera*", "*hookeri*", "Si", "Si" , "-", "-", "-", "-","-","@reddoch2007population",
"*Platanthera*", "*praeclara*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Variación temporal", "@sieg1995influence",
"*Platanthera*", "*macrophylla*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Incluye estado de protocormo", "@cleavitt2017life @berry2021population",
"*Platanthera*", "*orbiculata*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Incluye estado de protocormo","@cleavitt2017life @berry2021population",
"*Prasophyllum*", "*correctum*", "Si", "" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto de fuego","@coates2006effects",
"*Pseudorchis*", "*albida*", "-", "-" , "-", "-", "-", "-","-","@stipkova2013mowing",
"*Rodriguezia*", "*granadensis*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "","Efecto antropogénico, **to be digitized**","@ospina2023effect",
"*Serapias*", "*cordigera*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto antropogénico","@pellegrino2014effects",
"*Spathoglottis*", "*plicata*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "-","Orquídea invasiva y interacciones bióticas", "@falcon2017quantifying",
"*Spiranthes*", "*delitescens*", "Si", "Si" , "Si", "Si", "-", "-","Efecto abiótico: sequia","@mcclaran1992population",
"*Spiranthes*", "*parskii*", "Si", "" , "-", "-", "-", "-","Efecto abiótico: herbivoría","@wonka2010herbivores",
"*Telipogon*", "*helleri*", "Si", "-" , "-", "-", "-", "Si","Dinámica de transición","@raventos2018comparison",
"*Tolumnia*", "*variegata*", "Si", "Si" , "Si", "-", "-", "Si","El costo de reproducción","@calvo1993evolutionary",
"*Trichocentrum*", "*undulatum*", "-", "-" , "-", "-", "-", "","Efecto de aislamiento","@borrero2023populations" )
listsp_clean <- listsp %>%
mutate(
Genero = gsub("\\*", "", Genero),
Especies = gsub("\\*", "", Especies)
)
```
::: {.content-visible when-format="html"}
```{r lista2-html, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
listsp %>%
flextable() %>%
colformat_md() %>%
flextable::autofit(add_w = 0.2)
```
:::
::: {.content-visible when-format="pdf"}
```{r lista2-pdf, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
listsp_pdf <- listsp_clean %>%
mutate(Ref = gsub("@", "", Ref))
kableExtra::kbl(listsp_pdf,
booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>%
kableExtra::kable_styling(
latex_options = c("repeat_header", "scale_down", "HOLD_position"),
font_size = 7) %>%
kableExtra::column_spec(1, italic = TRUE) %>%
kableExtra::column_spec(2, italic = TRUE)
```
:::
::: img-float
{style="margin: 10px;width: 50% ; "}
```{r, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
#### https://cran.r-project.org/web/packages/ftExtra/vignettes/format_columns.html # Enlace para formatear columnas que tiene referencias en formato markdown
```
:::
------------------------------------------------------------------------
Notas para añadir a la tabla
- IPM - Integrated Population Model
- Transient dynamics
- Transfer function
------------------------------------------------------------------------
## Especies de orquídeas estudio sin PPM {.unnumbered}
En la siguiente lista incluimos algunos de los trabajos de dinámica poblacional pero que no usan PPM para responder a su pregunta. La lista es muy grande y no es exhaustiva. La lista incluye trabajos que usan otros métodos de estimación de parámetros, como modelos de regresión, o que usan IPM (Integral population models) pero no usan matrices de transición de estados o edades que es método alterno de estimación de parámetros que se usa en este libro.
::: img-float
{style="float: right; margin: 10px;width: 40% ; "}
:::
```{r lista3, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
NO_matrix <-dplyr::tribble(
~"Genero", ~Especies, ~Otro, ~Ref,
"*Isotria*", "*medeoloides*","no matrix","@alahuhta2017instant",
"*Cyclopogon*", "*luteoalbus*", "no matrix","@juarez2014viability",
"*Cypripedium*", "*calceolus*", "no matrix" ,"@davison2013contributions",
"*Cypripedium*", "*candidum*", "no matrix" ,"@shefferson2017predicting",
"*Gymnadenia*", "*conopsea*","no matrix","@oien2002flowering",
"*Ophrys*", "*sphegodes*","no matrix","@hutchings2010population",
"*Ophrys*", "*sphegodes*","no matrix" ,"@shefferson2017predicting",
"*Orchis*", "*morio*", "no matrix", "@wells1998flowering",
"*Spiranthes*", "*spiralis*","no matrix", "@jacquemyn2007long"
)
```
<br>
```{r lista4-prep, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
NO_matrix_clean <- NO_matrix %>%
mutate(
Genero = gsub("\\*", "", Genero),
Especies = gsub("\\*", "", Especies)
)
```
::: {.content-visible when-format="html"}
```{r lista4-html, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
NO_matrix %>%
flextable() %>%
colformat_md()
```
:::
::: {.content-visible when-format="pdf"}
```{r lista4-pdf, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
NO_matrix_pdf <- NO_matrix_clean %>%
mutate(Ref = gsub("@", "", Ref))
kableExtra::kbl(NO_matrix_pdf,
booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>%
kableExtra::kable_styling(
latex_options = c("repeat_header", "scale_down", "HOLD_position"),
font_size = 8) %>%
kableExtra::column_spec(1, italic = TRUE) %>%
kableExtra::column_spec(2, italic = TRUE)
```
:::
