Apéndice A — Lista de especies estudiadas

Lista completa de MPP en orquídeas

En esta sección se hace una recopilación de los estudios de dinámica poblacional en orquídeas que han usado matrices de transición de estados y de edades. Se identifican algunos de los temas principales de los trabajos.

En el siguiente cuadro se presentan los estudios de dinámica poblacional en orquídeas que usaron MPP y las preguntas principales que los autores intentaron responder. En la gran mayoría de los trabajos se evalúan múltiples hipótesis/ideas sobre la dinámica poblacional de las orquídeas. Para información específica sobre la metodología usada en cada estudio, se recomienda revisar los trabajos originales.

  • Clave de las variables:

    • Riesgo: Si se evaluó el riesgo de extinción de la especie.
    • Variación espacial: Si se evaluó la variación espacial de la especie.
    • Variación temporal: Si se evaluó la variación temporal de la especie.
    • Latencia: Si se evaluó la importancia de la latencia (dormancy) de la especie.
    • Métodos de estimación de parámetros: Si se evaluaron métodos alternos de estimación de parámetros (no tradicionales).
    • Historia de vida: Si se evaluó la historia de vida de la especie en un contexto evolutivo.
    • Otro: Si se evaluó otra pregunta no incluida en las anteriores.
    • Referencia: Referencia del estudio.

Librerías de R requeridas para el siguiente módulo

Código 
library(readr)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(gt)
library(flextable) # fallback para Word/PDF cuando gt::as_word falla
library(ftExtra)   # colformat_md() para procesar *italics* en celdas
Género Especies Riesgo Var. esp. Var. temp. Latencia Est. param. Hist. vida Otro Referencia
Aspasia principissa Si - Si - - -
Zotz y Schmidt (2006)
Brassavola cucullata Si Si Si - - - IPM, Transient Dynamics, Transfer Function Ackerman et al. (2020)
Broughtonia cubensis Si Si Si - - - Transient Dynamics Raventós et al. (2021)
Caladenia amoena Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b);
Caladenia argocalla Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia clavigera Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia elegans Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia graniticola Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia macroclavia Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia oenochila Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia rosella Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia valida Si - - Si Si Si Selección de modelos, método para estimar latencia Tremblay et al. (2009a) Tremblay et al. (2009b)
Caladenia orientalis Si Si Si Si - - Interacciones abióticas Coates y Duncan (2009)
Cephalanthera longifolia - - - Si Si Si Interacciones abióticas y bióticas Shefferson et al. (2012)
Cleistes divaricata var. divaricata Si Si Si Si Si -
Gregg (1991)
Cleistes divaricata var. bifaria Si Si Si Si Si -
Gregg (1991)
Cleistes bifaria - Si - Si - - Estructura de tamaño y estado Gregg y Kéry (2006)
Corallorhiza trifida Si - Si Si - -
Iriondo Alegria et al. (2009)
Crepidium acuminatum Si - Si - - - Efecto de cosecha Timsina et al. (2021)
Cypripedium acaule - - - - Si - Edad de individuos reproductivos Cochran y Ellner (1992)
Cypripedium calceolus Si Si Si Si - - Selección de modelos Nicolè et al. (2005)
Cypripedium calceolus Si Si Si Si - - Efecto de aislamiento Garcı́a González et al. (2010)
Cypripedium calceolus - - - - - - Costo de latencia, Interacciones abióticas y bióticas Shefferson et al. (2012)
Cypripedium fasciculatum Si Si Si Si - - Selección de modelos, Interacciones abióticas Thorpe et al. (2011)
Cypripedium parviflorum - - - Si - Si
Shefferson et al. (2014)
Cypripedium reginae - Si - Si - Si Selección de modelos, interacciones bióticas Kéry y Gregg (2004)
Cypripedium lentiginosum - - - - Si - Leslie matrix Zhongjian et al. (2008)
Dactylorhiza hatagirea Si Si Si Si - - Efecto de cosecha Chapagain et al. (2021)
Dactylorhiza lapponica - Si Si Si - - Efecto antropogénico, interacciones abióticas Sletvold et al. (2010); Sletvold et al. (2013)
Dendrophylax lindenii Si - Si - - - Efecto de densidad, los datos de la matriz no están disponibles González-Hernández (2009); Raventós et al. (2015)
Epidendrum xanthinum Si Si - - - - Comparación de poblaciones Farfán Camargo (2008)
Epipactis atrorubens Si Si Si Si - - Incorporación de variable de endogamia Hens et al. (2017)
Epipactis atrorubens - - - - - - Jäkäläniemi et al. (2011)
Erycina crista-galli Si Si - - - -
Mondragón et al. (2007)
Erycina crista-galli - - - - - -
Maldonado Flores (2005)
Guarianthe aurantiaca Si Si - - - - Efecto de cosecha Mondragón (2009)
Herminium monorchis Si - Si Si - - Efecto abiótico Wells et al. (1998)
Himantoglossum hircinum Si - Si - - - Efecto abiótico: sequía Wells et al. (1998)
Himantoglossum hircinum Si - Si - - - Modelando expansión Carey (1998)
Himantoglossum hircinum Si - Si Si - - Efecto abiótico: Precipitación y Temp del suelo Pfeifer y Jetschke (2006)
Isotria medeoloides Si - Si - - - Tratamiento del dosel Dibble et al. (2019)
Jacquiniella leucomelana Si - Si - - - Metapopulation approach Winkler et al. (2009)
Jacquiniella teretifolia Si - Si - - - Metapopulation approach Winkler et al. (2009)
Laelia autumnalis Si Si Si - - Efecto de cosecha Emeterio-Lara et al. (2021)
Laelia speciosa Si - Si - - - Efecto de cosecha Hernández-Apolinar (1992)
Lepanthes caritensis Si Si Si - - -
Tremblay (1997)
Lepanthes caritensis Si Si Si - - - Efecto de huracanes Crain et al. (2019)
Lepanthes eltoroensis Si Si - - - - Tamaño efectivo de Población, Ne y largo de vida Tremblay y Ackerman (2001)
Lepanthes eltoroensis Si Si Si - - -
Tremblay y Hutchings (2003)
Lepanthes eltoroensis Si Si Si Si - - Nueva metodología para estimar parámetros Tremblay et al. (2021)
Lepanthes rubripetala - - - - - - Tamaño efectivo de Población, Ne y largo de vida Tremblay y Ackerman (2001)
Lepanthes rubripetala Si Si Si - - - Dinámica de transiciones Tremblay et al. (2015)
Lepanthes rupestris - - - - - - Tamaño efectivo de Población, Ne y largo de vida Tremblay y Ackerman (2001)
Lepanthes acuminata Si - - - - - Dinámica de transiciones Raventós et al. (2018)
Lycaste aromatica Si - Si - - - Metapopulation approach Winkler et al. (2009)
Neotinea ustulata Si Si - Si - Si Método para estimar latencia Shefferson y Tali (2007)
Oeceoclades maculata Si Si Si - - - Especie invasiva Riverón-Giró et al. (2019)
Oncidium poikilostalix Si - - - - - Dinámica de transiciones Raventós et al. (2018)
Orchis purpurea Si - Si - - - LTRE Jacquemyn et al. (2010)
Orchis ustulata Si Si - - - - mismo que Neotinea ustulata Tali (2002)
Phaius australis Si Si - - - - Efecto espacial y abiótico Simmons (2016)
Platanthera hookeri Si Si - - - -
Reddoch y Reddoch (2007)
Platanthera praeclara Si Si Si Si - - Variación temporal Sieg y King (1995)
Platanthera macrophylla Si Si Si - - - Incluye estado de protocormo Cleavitt et al. (2017) Berry y Cleavitt (2021)
Platanthera orbiculata Si Si Si - - - Incluye estado de protocormo Cleavitt et al. (2017) Berry y Cleavitt (2021)
Prasophyllum correctum Si Si Si - - Efecto de fuego Coates et al. (2006)
Pseudorchis albida - - - - - -
Štípková (2013)
Rodriguezia granadensis Si Si Si - - Efecto antropogénico, pendiente de digitalizar Ospina-Calderón et al. (2023)
Serapias cordigera Si Si Si Si - - Efecto antropogénico Pellegrino y Bellusci (2014)
Spathoglottis plicata Si Si Si - - - Orquídea invasiva y interacciones bióticas Falcón et al. (2017)
Spiranthes delitescens Si Si Si Si - - Efecto abiótico: sequía McClaran y Sundt (1992)
Spiranthes parksii Si - - - - Efecto abiótico: herbivoría Wonka (2010)
Telipogon helleri Si - - - - Si Dinámica de transición Raventós et al. (2018)
Tolumnia variegata Si Si Si - - Si El costo de reproducción Calvo (1993)
Trichocentrum undulatum - - - - - Efecto de aislamiento Borrero et al. (2023)
Figura A.1: Spiranthes delitescens. Foto: Mitchel McClaran. Estudio demográfico: McClaran y Sundt (1992).
Figura A.2: Trichocentrum undulatum. Foto: Hong Liu. Estudio demográfico: Borrero et al. (2023).

Abreviaturas empleadas en la columna de métodos

  • IPM — Integral Projection Model, modelo de proyección integral: trata el estado del individuo como una variable continua (por ejemplo el tamaño) en lugar de agruparlo en estadios discretos. No debe confundirse con el Integrated Population Model, que es un método distinto, y que combina varias fuentes de datos en un mismo modelo jerárquico.
  • Transient dynamics — dinámica transitoria: el comportamiento de la población antes de alcanzar su estructura estable, tratado en el capítulo de Dinámica de transiciones.
  • Transfer function — función de transferencia: la relación exacta, y no lineal, entre una perturbación de un elemento de la matriz y el cambio en \(\lambda\), tratada en el capítulo de Funciones de transferencia.
  • Pendiente de digitalizar — el estudio existe pero sus matrices aún no se han incorporado a COMPADRE.

Especies de orquídeas estudiadas sin MPP

En la siguiente lista incluimos algunos de los trabajos de dinámica poblacional que no usan MPP para responder a su pregunta. La lista es muy grande y no es exhaustiva. Incluye trabajos que usan otros métodos de estimación de parámetros, como modelos de regresión, o que usan IPM (Integral Projection Models, modelos de proyección integral), pero no usan matrices de transición de estados o edades, que es el método alterno de estimación de parámetros que se usa en este libro.


Género Especies Otro Referencia
Isotria medeoloides no matrix Alahuhta et al. (2017)
Cyclopogon luteoalbus no matrix Juárez et al. (2014)
Cypripedium calceolus no matrix Davison et al. (2013)
Cypripedium candidum no matrix Shefferson et al. (2017)
Gymnadenia conopsea no matrix Øien y Moen (2002)
Ophrys sphegodes no matrix Hutchings (2010)
Ophrys sphegodes no matrix Shefferson et al. (2017)
Orchis morio no matrix Wells et al. (1998)
Spiranthes spiralis no matrix Jacquemyn et al. (2007)