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title: "Introducción a la Dinámica Poblacional de Orquídeas"
author:
- name: Raymond L. Tremblay (Autor Principal)
role: "Autor principal"
affiliation: Universidad de Puerto Rico, Recinto de Río Piedras, Departamento de Biología, San Juan, Puerto Rico; Universidad de Puerto Rico, Recinto de Humacao, Departamento de Biología, San Juan, Puerto Rico; ANALITICA Fundación, Inc. Caguas, Puerto Rico, 00725.
- name: Aucencia Emeterio-Lara
affiliation: Colegio de la Frontera Sur, ECOSUR, México.
- name: Edgar J. González
affiliation: Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias, México.
- name: Elaine González
affiliation: Orquídeario Soroa, Universidad de Artemisa, Apdo. postal No. 5 Candelaria, Pinar del Río, Cuba.
- name: Mariana Hernández-Apolinar
affiliation: Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias, México.
- name: Demetria Mondragón
affiliation: Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Investigación y Desarrollo Integral Regional Oaxaca, México.
- name: Ernesto Mujica Benitez
affiliation: Orquídeario Soroa, Universidad de Artemisa, Apdo. postal No. 5 Candelaria, Pinar del Río, Cuba.
- name: Paola Portillo Tzompa
affiliation: Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias, México.
- name: Adriana Ramírez Martínez
affiliation: "Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Investigación y Desarrollo Integral Regional Oaxaca, México."
- name: Tamara Ticktin
affiliation: Department of Botany, University of Hawaii at Manoa, 3190 Maile Way, Honolulu, HI 96822, USA.
date: "`r Sys.Date()`"
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documentclass: book
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- packages.bib
# - grateful-refs.bib
description: |
Este libro digital es una guía práctica para construir, **diagnosticar y defender** análisis de dinámica poblacional usando matrices de proyección poblacional (MPP), con orquídeas como ejemplo recurrente. Más allá de presentar la teoría matricial, el libro está organizado alrededor de cuatro tareas: (1) **construir** el modelo a partir de datos de campo (ciclo de vida, transiciones, fecundidad, descomposición U/F/C); (2) **diagnosticar** los datos y la matriz —con un capítulo sobre métodos bayesianos para transiciones raras y, especialmente, un capítulo dedicado a los impactos de datos sin sentido biológico que es probablemente el aporte más original del libro; (3) **analizar** el comportamiento (crecimiento, propiedades, elasticidad, dinámica transitoria, funciones de transferencia, LTRE, simulaciones); y (4) **comunicar** los resultados, con la traducción al español del protocolo estandarizado de Gascoigne et al. (2023). El libro incluye además guías prácticas de los paquetes `Rcompadre` y `Rage`, una breve historia del estudio demográfico de orquídeas y un capítulo sobre Carl Olaf Tamm, padre del campo. Los capítulos sobre métodos bayesianos, protocolo de reporte y datos sin sentido biológico son los que se recomienda consultar antes de publicar resultados de MPP.
keywords: "dinámica poblacional, matrices de proyección poblacional, MPP, orquídeas, métodos bayesianos, protocolo de reporte, reproducibilidad, diagnóstico de datos, conservación, ecología"
lang: es
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```{r setup, include=FALSE}
#| error: true
knitr::opts_chunk$set(
# echo = TRUE, # Mostrar el código R en la salida
#collapse = TRUE, # Colapsar el código y su salida en un solo bloque
#comment = "#>", # Prefijo para la salida de texto de R
# fig.align = "center", # Alinear las figuras al centro
warning = FALSE, # No mostrar mensajes de advertencia
message = FALSE # No mostrar otros mensajes
)
```
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## Navegación del libro
Este libro digital sobre **Dinámica Poblacional de Orquídeas** está organizado en capítulos progresivos que van desde la recolección de datos hasta métodos avanzados de análisis demográfico.
### Capítulos principales
- [Capítulo Intro](102-Intro.html)
- [Capítulo Ciclos de Vida](103-Ciclos_de_Vida.html)
- [Capítulo Recopilación de datos en el campo](104-Recopilacion_datos_en_el_campo.html)
- [Capítulo Transiciones](105-Transiciones.html)
- [Capítulo Calcular fecundidad](106-calcular_fecundidad.html)
- [Capítulo matU matF matC](107-matU_matF_matC.html)
- [Capítulo Acercamiento bayesiano para transiciones y fecundidades](108-Bayesian_PPM.html)
- [Capítulo Crecimiento poblacional](109-Crecimiento_poblacional.html)
- [Capítulo Propiedades](110-Propriedades.html)
- [Capítulo Elasticidad](111-Elasticidad.html)
- [Capítulo Dinámica de Transiciones](112-Dinamica_de_Transiciones.html)
- [Capítulo Funciones de Transferencia](113-Funciones_de_Transferencia.html)
- [Capítulo LTRE](114-LTRE.html)
- [Capítulo Métodos de simulaciones](115-Metodos_de_simulaciones.html)
- [Capítulo COMPADRE Orquídeas](119-COMPADRE_ORCHIDS.html)
- [Capítulo Rage orquídeas](120-Rage_orquideas.html)
- [Capítulo Traducción protocolo información](121-Traduccion_protocolo_informacion.html)
- [Capítulo Impacto de Datos sin Sentido](122-Impacto_de_Datos_sin_Sentido.html)
- [Capítulo Conclusión](123-Conclusion.html)
- [Capítulo Historia Breve de la Dinámica Poblacional de Orquídeas](117_Historia_breve.html)
- [Capítulo Carl Olaf Tamm](118-Carl_Olaf_Tamm.html)
- [Apéndice A: Lista de especies de orquídeas estudiadas usando MPP](Appendix_A_Species_List.html)
- [Apéndice B: Formato para hojas de datos de campo](Appendix_B_Hoja_de_datos.html)
- [Apéndice C: Documentos](Appendix_C_Datos.html)
- [Agradecimientos](Agradecimientos.html)
### Recursos computacionales
- COMPADRE y análisis comparativo
- Paquete `Rage` y métricas de historia de vida
## Objetivo del libro:
Este libro está dirigido a dos públicos principales:
- Estudiantes de pregrado y posgrado interesados en aprender sobre la dinámica poblacional;
- Investigadores que ya recolectan datos demográficos y necesitan una guía para construir, diagnosticar y publicar análisis matriciales que sobrevivan la revisión crítica.
Lo que distingue a este libro de los textos clásicos sobre dinámica poblacional —Caswell (2001), Morris y Doak (2002), Ebert (1999)— es que **no se queda en la construcción del modelo**. Las MPP son fáciles de armar y fáciles de equivocar: con tamaños de muestra pequeños, eventos raros no observados, redondeo excesivo, distribuciones gaussianas aplicadas a proporciones acotadas, fecundidad mal asignada, etc., un análisis matemáticamente impecable puede arrojar conclusiones biológicamente erróneas. Los capítulos sobre **métodos bayesianos para transiciones raras**, sobre el **protocolo estandarizado de reporte** y sobre los **impactos de datos sin sentido biológico** son la "columna diagnóstica" del libro: las herramientas que un demógrafo necesita para que su trabajo aguante la revisión por pares, el reanálisis posterior y el escrutinio comparativo cuando otros lo integren a meta-análisis.
Cada capítulo ofrece una introducción a los conceptos y métodos, ejemplos prácticos en R, y discusión explícita de los supuestos y las limitaciones. Algunos ejemplos complementarios usan MS Excel para los lectores que prefieren un primer contacto sin programación.
Al finalizar, el lector debería ser capaz de: (a) construir una MPP correctamente desde datos de campo; (b) diagnosticar problemas de calidad y aplicar correctivos bayesianos cuando hagan falta; (c) calcular y reportar las métricas demográficas estándar (λ, sensibilidad, elasticidad, métricas transitorias, LTRE, simulaciones estocásticas) interpretándolas en términos biológicos; y (d) comunicar resultados conforme al protocolo estandarizado del campo.
## Estructura del libro
El libro está organizado alrededor de las cuatro tareas de un demógrafo: **construir, diagnosticar, analizar y comunicar**. Los capítulos del 4 al 8 cubren la construcción (ciclo de vida, recolección de datos, transiciones, fecundidad, descomposición U/F/C). El capítulo 9 (métodos bayesianos), el 21 (impactos de datos sin sentido biológico) y el 20 (protocolo estandarizado) forman la columna diagnóstica y de comunicación. Los capítulos del 10 al 17 cubren el análisis (crecimiento, propiedades, elasticidad, dinámica transitoria, funciones de transferencia, LTRE, simulaciones, COMPADRE, Rage). La sección de Historia y los apéndices completan el libro.
## Cómo citar este libro
Si usa este libro en su investigación, docencia o material de divulgación, le pedimos que lo cite en la forma apropiada. Hay dos formas válidas, según lo que esté citando: el libro completo, o un capítulo específico con sus autores.
### Cita del libro completo
Cuando se refiera al libro como un todo:
> Tremblay, R. L., Emeterio-Lara, A., González, E. J., González, E., Hernández-Apolinar, M., Mondragón, D., Mujica Benitez, E., Portillo Tzompa, P., Ramírez Martínez, A., & Ticktin, T. (2026). *Introducción a la Dinámica Poblacional de Orquídeas*. Edición digital. <https://raymondltremblay.github.io/Dinamica_Poblacional/>
**BibTeX:**
``` bibtex
@book{tremblay2026orquideas,
title = {Introducción a la Dinámica Poblacional de Orquídeas},
author = {Tremblay, Raymond L. and Emeterio-Lara, Aucencia and
González, Edgar J. and González, Elaine and
Hernández-Apolinar, Mariana and Mondragón, Demetria and
Mujica Benitez, Ernesto and Portillo Tzompa, Paola and
Ramírez Martínez, Adriana and Ticktin, Tamara},
year = {2026},
publisher = {Edición digital},
url = {https://raymondltremblay.github.io/Dinamica_Poblacional/}
}
```
### Cita de un capítulo individual
Cuando se refiera al contenido específico de un capítulo —por ejemplo, una técnica desarrollada en él— cite el capítulo con sus autores correspondientes y el libro como contenedor.
**Plantilla (formato APA):**
> \[Autores del capítulo\]. (2026). \[Título del capítulo\]. En R. L. Tremblay, A. Emeterio-Lara, E. J. González, E. González, M. Hernández-Apolinar, D. Mondragón, E. Mujica Benitez, P. Portillo Tzompa, A. Ramírez Martínez, & T. Ticktin, *Introducción a la Dinámica Poblacional de Orquídeas*. <https://raymondltremblay.github.io/Dinamica_Poblacional/%5Barchivo%5D.html>
**Ejemplo concreto (capítulo "Acercamiento bayesiano"):**
> Tremblay, R. L. (2026). Acercamiento bayesiano para calcular transiciones y fecundidades. En R. L. Tremblay, A. Emeterio-Lara, E. J. González, E. González, M. Hernández-Apolinar, D. Mondragón, E. Mujica Benitez, P. Portillo Tzompa, A. Ramírez Martínez, & T. Ticktin, *Introducción a la Dinámica Poblacional de Orquídeas*. <https://raymondltremblay.github.io/Dinamica_Poblacional/108-Bayesian_PPM.html>
**BibTeX:**
``` bibtex
@incollection{tremblay2026bayesianoMPP,
title = {Acercamiento bayesiano para calcular transiciones y fecundidades},
author = {Tremblay, Raymond L.},
year = {2026},
booktitle = {Introducción a la Dinámica Poblacional de Orquídeas},
editor = {Tremblay, Raymond L. and Emeterio-Lara, Aucencia and
González, Edgar J. and González, Elaine and
Hernández-Apolinar, Mariana and Mondragón, Demetria and
Mujica Benitez, Ernesto and Portillo Tzompa, Paola and
Ramírez Martínez, Adriana and Ticktin, Tamara},
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}
```
### Autores por capítulo
A continuación se listan los autores de cada capítulo, para facilitar la cita correcta:
| Capítulo | Autor(es) |
|----|----|
| Diagnóstico poblacional: Introducción | Raymond L. Tremblay, Ernesto Mujica, Demetria Mondragón |
| El Ciclo de Vida | Raymond L. Tremblay |
| Recopilar datos en el campo | Aucencia Emeterio-Lara, Mariana Hernández-Apolinar, Raymond L. Tremblay |
| Transiciones | Aucencia Emeterio-Lara, Ernesto Mujica, Elaine González, Raymond L. Tremblay |
| Fecundidad | Aucencia Emeterio-Lara, Raymond L. Tremblay |
| Matrices de transición, fecundidad y reproducción clonal | Raymond L. Tremblay |
| Acercamiento bayesiano para calcular transiciones y fecundidades | Raymond L. Tremblay |
| Crecimiento Poblacional | Tamara Ticktin, Mariana Hernández-Apolinar, Raymond L. Tremblay |
| Propiedades de las matrices y estimación de parámetros | Mariana Hernández-Apolinar, Paola Portillo Tzompa |
| Elasticidad y Sensibilidad | Demetria Mondragón, Ernesto Mujica, Elaine González |
| Dinámica transitoria | Mariana Hernández-Apolinar, Tamara Ticktin, Paola Portillo Tzompa |
| Funciones de transferencia | Mariana Hernández-Apolinar, Tamara Ticktin, Edgar J. González, Raymond L. Tremblay |
| Experimento de Respuesta de Tabla de Vida (LTRE) | Adriana Ramírez Martínez, Demetria Mondragón |
| Métodos de simulación poblacional | Raymond L. Tremblay |
| COMPADRE y Orquídeas | Raymond L. Tremblay |
| Rage y Orquídeas | Raymond L. Tremblay |
| Un protocolo estándar para comunicar información demográfica | *Traducción de* Gascoigne et al. (2023) *por* R. L. Tremblay, R. Salguero-Gómez, A. Damon, D. Molina Ozuna |
| Impactos de datos sin sentido biológico | Raymond L. Tremblay |
| Conclusión | Raymond L. Tremblay, Demetria Mondragón, Aucencia Emeterio-Lara |
| Historia breve de los MPP en orquídeas | Raymond L. Tremblay |
| Carl Olaf Tamm | Raymond L. Tremblay |
::: callout-note
## Sobre el capítulo del protocolo
El capítulo "Un protocolo estándar para comunicar información demográfica estructurada en fases discretas" es la traducción al español del artículo de [@gascoigne2023standard]. Si usted está empleando el protocolo en su trabajo, **cite el artículo original**. Si está empleando o citando explícitamente la traducción al español (por ejemplo, recomendándola a colegas hispanohablantes), cite tanto el artículo original como esta edición digital.
:::
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## Paquetes de R principales usados en el libro
Los paquetes principales para el análisis de dinámica poblacional se listan a continuación, aunque muchos otros fueron utilizados para transformar datos, producir gráficos y para construir el libro.
- *popbio*: un paquete para analizar datos de dinámica poblacional basado en funciones que se encuentran en el libro de Caswell [@caswell2001matrix] y en el libro de Morris y Doak [@morris2002quantitative] por edades o etapas [@popbio2007].
- *popdemo*: un paquete que incluye herramientas para modelar poblaciones y demografía utilizando modelos de proyección matricial, con implementaciones de modelos deterministas y estocásticos. Incluye proyección de población, índices de tamaño y crecimiento de la población a corto y largo plazo, análisis de perturbaciones, convergencia hacia la estabilidad o estacionaria [@popdemo2021].
- *raretrans*: Funciones para crear modelos matriciales de población a partir de una combinación de datos sobre transiciones de etapa/edad con información previa bayesiana. Esto compensa los problemas estructurales causados por la falta de observaciones de transiciones raras y datos sin sentido biológico [@raretrans2024], tal como se explica en el capítulo de métodos bayesianos.
- *Rage*: Funciones para calcular métricas de historia de vida utilizando modelos matriciales de población ("MPP"), descritas en Jones [@Rage2022].
- *Rcompadre*: Un paquete para analizar los datos recopilados en la base de datos `COM(P)ADRE`, una base de datos de matrices de vida de plantas y animales [@jones2022rcompadre].
Otros paquetes que se usan para analizar datos, mayormente para manipular datos, hacer modelos estadísticos y visualizaciones, incluyen:
- *ggplot2*: para hacer gráficos
- *dplyr*: para manipular datos
- *tidyr*: para manipular datos
- *lubridate*: para trabajar con fechas
## Libro digital y archivos de datos
El libro digital se encuentra en el siguiente enlace, donde el acceso a todas las funciones y datos están disponibles para reproducir los ejemplos utilizados en el libro.
https://raymondltremblay.github.io/Dinamica_Poblacional/
## Lista de paquetes usados en el libro
La lista a continuación se genera automáticamente escaneando todos los archivos del libro. Si planea reproducir los ejemplos, asegúrese de tener instalados los paquetes listados.
```{r, warning=FALSE, message=FALSE}
# renv::dependencies() escanea todos los .qmd y .R del proyecto en busca de
# llamadas a library(), require() y pkg::función(). Respeta .renvignore para
# excluir scripts utilitarios (ej. split_chapters.R).
deps <- renv::dependencies(quiet = TRUE)
pkgs <- sort(unique(deps$Package))
# Versión instalada — NA si el paquete no está instalado (no falla).
safe_version <- function(p) {
tryCatch(as.character(utils::packageVersion(p)),
error = function(e) NA_character_)
}
data.frame(
Paquete = pkgs,
Version = vapply(pkgs, safe_version, character(1)),
row.names = NULL
) |>
knitr::kable()
```
```{r, echo=FALSE, eval=FALSE, warning=FALSE}
#| error: true
#Revisión:
#RLT Sept 14, 2024
#Elaine González Feb 12, 2025
#RLT Feb 16, 2025
#RLT Nov 20, 2025
```